شیخ آقا بزرگ تهرانی در 12 اسفند 1348 مطابق با 13 ذی الحجّه 1398 در سن 96 سالگی چشم از جهان فروبست و همگان را در غم و اندوه بسیار رها کرده و به دیدار حق شتافت.
در رحلت او چه آنان که محضرش را درک کردند و چه آنهایی که از فیض حضورش بیبهره بودند در غم از دست رفتنش با دلی شکسته و قلبی اندوهگین جامه عزا بر تن کردند. پس از غسل توسط شهید مدنی آیتاللّهالعظمی سیدابوالقاسم خویی از مراجع نجف در صحن شریف علوی بر پیکر پاکش نماز خواند. او را در آستانه کتابخانه خود دفن کردند.